Después de reunirse con Michael Franklin se une a este último.
Franklin también trabajó para un narcotraficante local llamado Marcus, por lo que luego lo mató.
Le sugirió robarle una moto a un integrante del grupo Vagos, Esteban Jiménez, por falta de pago.
El protagonista, junto con su cómplice Lamar Davis, primero inspecciona los garajes en Vespucci Beach, donde son encontrados por los "vagos".
Después de un tiroteo, Franklin roba la moto, pero Lamar insiste en que se la deje a él así llevándosela.
Además, Franklin ayuda a su amigo, Lamar Davis, con Chamberlain Gangsta Families.
Él y él secuestran a D de la pandilla rival "Ballas" (el secuestro no tuvo éxito por culpa de Lamar, por lo que tuvieron que dejarlo ir), después de esto , Lamar le deja su cuidado a su perro llamado Chop, luego se encuentra con Harold "Stretch" Joseph, un miembro honorario de la CGF, quien sale de prisión (Franklin tiene una relación tensa con él), y concreta un trato para comprar droga con los "Ballas" en una planta procesadora de La Puerta, pero lo último que sale mal por el hecho que Stretch mata a D (al principio los tres pensaron que él lo preparó, pero en realidad no es así).
Mientras tanto, Franklin, con Trevor y Lamar, roban el último auto para Devin, pero Weston se niega a pagar.
Al darse cuenta de que fue "estafado", Clinton decidió preguntarle a Lester sobre Michael.
Trevor, a su vez, le dijo a regañadientes al joven afroamericano que Michael había sido secuestrado por bandidos de Wei Cheng, el líder de las Tríadas en San Andreas.
Franklin le cuenta toda la verdad a Lamar sobre Stretch y jura matarlo.
Si el jugador elige el primer final (matar a Trevor Phillips por órdenes de Steve Haines), entonces Franklin llamará a Trevor, el cual empieza a escapar de él al darse cuenta de sus verdaderas intenciones para que luego Michael llegue y choque a Trevor para que este último se estrellase contra un tanque de gasolina, siendo rociado por este, el jugador tendrá la opción de disparar o no, pero si no dispara Michael lo hará, así quemando vivo al tercer protagonista y matándolo.
Si elige el tercer final (excepto Michael y Trevor), entonces Franklin llamará a Lester.
Clinton va a casa de Lester y le cuenta la situación, entonces Lester le propone a Franklin un plan: le diría a Devin Weston y al FIB información falsa de que supuestamente el oro robado por el trío se derretiría en una fundición de Murietta Heights, y el protagonista tendría que tender una emboscada a los agentes del FIB y mercenarios de Merryweather.
Los cuatro luchan contra una avalancha de agentes del FIB y Merryweather.
Después de eso, la "trinidad impía" (como Lamar llamó a Franklin, Michael y Trevor después de su rescate en el aserradero) deciden enfrentarse a sus enemigos: Devin Weston, Steve Haines, Wei Cheng y Harold "Stretch" Joseph, utilizando las coordenadas que compartió Lester con los protagonistas.
Completar contratos le permite al jugador ayudar a hacer crecer el negocio de Franklin.
Luego roba el disco duro y lo lleva a la agencia de Franklin.
Franklin se pone en contacto con un pandillero de Davis Neighborhood Family llamado Vernon.
Para capturarla, Johnny contrata tiradores y ataca los estudios Record A con patrullas de la policía.
En la tercera misión, Franklin y Lamar regresan a Sandy Shores, pero esta vez a Lamar se le ocurrió un plan astuto: convierte la camioneta robada en la misión anterior en un "automóvil de marihuana".
Este hecho genera muchos momentos divertidos, ya que sus reacciones ante personajes extraños siempre son cómicas".