Lebouef empezó en 1986 en las categorías inferiores del Stade Laval, haciendo su debut con dicho club en 1988.
En 2001 regresó a Francia para jugar en el Olympique de Marsella, donde estuvo dos temporadas.
Perteneció al conjunto que ganó el primer mundial de fútbol para los franceses en 1998, cita deportiva celebrada precisamente en suelo galo.
Además con Francia disputó las Eurocopas de 1996 y 2000, llegando a semifinales en la primera participación finalizando en el cuarto lugar, mientras que en la segunda obtuvo el título ante Italia.
También ganó la Copa FIFA Confederaciones 2001 realizada en suelo oriental, venciendo al coanfitrión Japón.