Se le cuenta entre los psiquiatras más influyentes del siglo XX en Italia, tras haber liderado un movimiento intelectual y político en salud mental y propugnar la paulatina clausura de hospitales psiquiátricos italianos desde 1978.

Delatado por un compañero, fue arrestado en 1944 y, sin derecho al debido proceso, tuvo que permanecer en la cárcel hasta que finalizó la guerra, encierro que según él mismo relatara más tarde, influyó tempranamente en su postura sobre la ilegitimidad de la reclusión obligatoria y la privación de libertad como formas de tratamiento psiquiátrico.

[4]​ A partir de 1958 ejerció la docencia en esa misma universidad, pero solo por un breve período.

Interrumpió su carrera académica en 1961 trasladándose a Gorizia, donde asumió la dirección del hospital psiquiátrico local.

Más tarde se trasladó a Trieste, también como director del hospital y realizó allí muchas reformas.

En este laboratorio se construyó un caballo en papel maché de dimensiones gigantescas, cuyo vientre estaba relleno con los deseos los pacientes.

Lo llamaron «Marco Cavallo» y con él irrumpieron, derribando los muros del portal de San Giovanni en una marcha por la ciudad, donde Franco Basaglia en conjunto con los pacientes del manicomio que dirigía exigían su clausura definitiva.

Basaglia declinó contestar el cuestionario, considerando además que era un absurdo diseñar programas para una población «abstracta», con independencia del conocimiento concreto de sus necesidades.

Basaglia imprimió a su lucha por la libertad de los pacientes psiquiátricos un carácter de lucha política, con objetivos libertarios concretos que puso a la orden del día del movimiento social.

[11]​ Esta ley constituye mundialmente el primer texto legal que establece derechos para las personas con trastornos mentales.

En los primeros veinte años se logró eliminar 90 000 camas psiquiátricas que existían al momento de su promulgación.

Pero su interés en este primer período se orienta marcadamente a conciliar sus ideas filosóficas con la psicopatología.

La idea que impregnó todos estos artículos escritos en Padua fue la de encontrar un puente entre la antropofenomenología y la psicopatología.

En este último encuentro presentó una ponencia crucial titulada La destrucción del hospital psiquiátrico como un lugar de institucionalización, que es un escrito programático.

Además, desde 1965 escribió como editor corresponsal para la revista existencialista de Nueva York, Journal of Existencialism.