A los 12 años, modeló su primer bajorrelieve en yeso, un nacimiento, la cual se considera su primera escultura conocida.

[7]​ En 1929, su condiscípulo y amigo, el también escultor Juan Manuel Sánchez Barrantes, lo motivó con noticias de una nueva sensibilidad que en ese entonces dominaba el arte occidental.

Utilizó diferentes técnicas de dibujo, tinta china, lápiz, retratando a sus parientes, animales al natural y paisajes.

[9]​ Una año después, en 1935, un grupos de costarricenses se reunió para organizar un concurso para erigir un monumento a la madre.

El monumento levantó una gran polémica, desatándose una discusión sobre la adjudicación del premio a Zúñiga, aunque finalmente este prevaleció.

[9]​ Fue entonces cuando Francisco Zúñiga decide trasladarse a México, en 1936,[10]​[11]​ donde estudia arte formalmente en La Escuela de Talla Directa La Esmeralda, en colaboración con Antonio Ruiz "El Corcito", el escultor Oliverio Martínez y el pintor Manuel Rodríguez Lozano.

[15]​ Su estilo único es caracterizado por la representación de recios y orgullosos personajes indígenas, sobre todo femeninos, como: