Fran Pastor se formó en la cantera del Real Madrid durante 11 temporadas.
[1] En la temporada 2012/13 forma parte del Real Madrid C y más tarde, sería cedido por el club blanco durante dos temporadas consecutivas al SD Compostela y Marino de Luanco de la Segunda División B en el que jugó 20 partidos y anotó 3 goles.
[5] El 2 de febrero de 2020, anotaría su primer gol en las filas del Club Real Potosí en una victoria por dos goles a uno frente a Club Real Santa Cruz.
Fran saldría en la segunda parte y anotaría el tanto de la victoria suponiendo los primeros tres puntos en liga.
En 2022 el jugador confirma su retiro del fútbol debido a problemas de salud.