Antes del movimiento emancipador ostentaba el cargo de Regidor del Cabildo colonial, sin embargo, pasó a las filas independentistas en 1820.
[1] En 1820 le interesó la causa independentista llevada a cabo en otros países.
[1] En 1822 rechazó las pretensiones del libertador Simón Bolívar de anexar la Provincia Libre de Guayaquil a la Gran Colombia.
[1] En 1830, el Distrito del Sur se separó de la Gran Colombia creándose el Estado del Ecuador, por lo cual Juan José Flores convocó a una Asamblea Constituyente en Riobamba para que redacte la primera constitución del país, en la cual Francisco de Marcos asistió como diputado.
[3] En 1845 estalló la Revolución marcista que puso el fin al floreanismo, tras lo cual, Francisco de Marcos nuevamente fue convocado al Congreso como senador suplente por la provincia del Guayas, y cinco años después participó en la rebelión guayaquileña del 20 de febrero de 1850 que proclamó la jefatura suprema de Diego Noboa.