Poco después pasa a Valladolid como profesor de Teología en la Universidad.

El Papa Paulo IV, lo nombra obispo de Orense en 1556.

Allí fundó y dotó el Hospital de San Roque.

En 1561, fue enviado al Concilio de Trento, donde actuó con gran lucidez.

Aunque insiste en presentar, tanto al Rey como al Papa su renuncia, a causa de su avanzada edad, no se la admitieron y le animaron a seguir en su tarea.