En las elecciones parlamentarias del año 1990, inició su carrera política postulando a la Cámara de Diputados del Congreso de la República por el Frente Democrático, coalición política encabezada por Mario Vargas Llosa como candidato presidencial.

Izquierdo postuló por la circunscripción de Cajamarca y resultó elegida con 2,858 votos, siendo luego juramentada para el periodo parlamentario 1990-1995.

[4]​ En el año 1995, Francisca Izquierdo renunció al Partido Popular Cristiano debido a discrepancias internas.

[4]​ En agosto del año 1999, Francisca Izquierdo renunció junto con otros alcaldes a Somos Perú.

La renuncia fue anunciada públicamente por Ricardo Amiel, exmiembro del Partido Popular Cristiano, en la que Izquierdo manifestaba discrepancias con Alberto Andrade y su entorno cercano en el Municipio de Lima.

En las elecciones municipales del año 2002, intentó sin éxito su reelección como alcaldesa de Jesús María.

Luego desde 2022 hasta 2024 estuvo afiliada a Alianza para el Progreso, partido político de César Acuña.