Nació en Vigo, su padre fue médico y su madre profesora de letras.

Se convirtió en un experto sobre historia del movimiento obrero en Europa y la Rusia comunista, pero al estar imposibilitado de consultar los archivos soviéticos, se decantó por estudiar la revolución mexicana, la primera gran revolución del siglo XX.

Esta obra tuvo una gran resonancia en la crítica, aunque tuvo algunos detractores como Alan Knight, al darle una nueva mirada a la revolución Mexicana, observando la herencia de la revolución francesa y la modernidad que trajo consigo, que se observan en el discurso y en las leyes oficiales, que contrastaban con prácticas políticas que diferían de tal ideario, heredadas del antiguo régimen, y que en la realidad política llegó a constituir una ficción democrática.

Tras su primera gran obra sobre la revolución mexicana, Guerra se centró en el proceso de independencia de América, con libros como Modernidad e independencias y Los espacios públicos en Iberoamérica (como coautor), además de numerosos artículos, en donde trataba sobre el tránsito a la modernidad en España y los países latinoamericanos, y su choque con la tradición.

En todas estas obras hay una nueva tendencia historiográfica, que se aleja de las influencias estructuralistas que colocaban una preeminencia sobre procesos económicos y de estructura social, rescatando la historia política, no sólo como hechos sino también sobre los actores políticos, sus ideas, los imaginarios, las prácticas y los valores.