Forbidden Siren transcurre en una remota villa rural en una montaña de Japón llamada Hanuda, la cual está caracterizada por ser muy tradicional y particularmente xenofóbica.
La historia del juego transcurre en que los habitantes de la villa se sumergen en las enrojecidas aguas que la rodean abducidos por la "sirena", resurgiendo como Shibitos (muertos vivientes), pero hay un grupo de 10 supervivientes a esta llamada, que se verán atrapados en Hanuda durante 3 días con estos seres, los cuales vivirán distintas pesadillas a diferentes horas y lugares.
Todos los personajes comparten una habilidad en común: el "Sightjack" (vista ajena) donde podrán ver con los ojos de los demás para sobrevivir a la tragedia.
Los shibitos entonces comienzan a construir un nido para recibir la forma física de Datatsushi una vez que este haya sido invocado, de paso, eliminando y convirtiendo a cualquier humano que haya quedado en Hanuda.
Esto se presenta en orden cronológico en un plazo de tres días donde el misterio toma lugar.
Kyoya viaja al área en búsqueda de una villa (sin nombre) donde ocurrió una masacre hace ya muchos años.
Irónicamente, Kyoya le roba su arma más adelante en el juego tendiéndole una trampa con una botella de sake).
Luego, mientras queda en shock por la muerte del policía, un terremoto sacude el área y comienza a sonar la sirena.
Ella insiste en acompañarlo a Hanuda y se ve envuelta en el desastre.
Ella penetra “El Nido” con Kyoya e inadvertidamente crea una entrada para Harumi.
Desafortunadamente, su sistema absorbió mucha “Agua Roja” y esto la inhabilita de regresar al Mundo Real.
También hay unos niveles más adelante en el juego donde se utiliza a “Kei Makino”, después de esta escena.
Shiro Miyata es el hermano gemelo de Kei Makino; separados al nacer fueron criados en ambientes totalmente diferentes y por ende, tienen una muy fría relación.
Mientras que Mina Onda no es un personaje “jugable” y nunca es vista como humana, ella tiene un papel importante en el juego.
Algunos niveles se centran en escapar o neutralizar a Mina Onda; ella es argumentalmente la Shibito más poderosa todo del juego.
durante una gran conmoción, Hisako fue una de las aldeanas que se comió su carne mientras él reposaba muriéndose.
Es dicho que es descendiente del Dios Ninigi, cuyo vástago estaría maldito con el “sello de la oscuridad” (ciego).
Gracias a esta mezcla de sangre, Kyoya e incluso Yoriko sobreviven hasta el final cuando seguramente hubieran muerto.
Aunque, cuando Miyako es sacrificada, la necesidad de tener a Ayako para otra generación desaparece, por eso Hisako Yao la elimina.
Profesora de la escuela elemental local, Reiko conduce una excursión con algunos alumnos cuando el terremoto sucede, pero solo ella y Harumi Yomoda logran sobrevivir.
Él sabe mucho de la ceremonia y su disgusto con la religión local “Mana” lo ha hecho un notable ermitaño.
La familia Maeda es presentada tempranamente en el juego, ellos entran por la puerta de la iglesia buscando a Tomoko.
Kereb es el perro de Miyako, también es la razón por la que Miyako puede ver a Kyoya en el bosque al principio del juego: ella ve lo que su perro ve, ella también gracias a la habilidad de “La Vista ajena”(sight jack).
Se les encuentra comúnmente cortando pasto, excavando y ocasionalmente martillando tablas.
En comparación con los Shibitos regulares (quienes son miopes), los Shibitos Francotiradores tienen una mortal puntería y un increíble rango de visión que les permite ver a través de neblina y oscuridad a su objetivo.
Estos Shibitos corren en cuatro patas, tienen un largo pelo que les cubre la cara y son exclusivamente hembras/mujeres.
Son los más rápidos del juego y atacan utilizando sus manos como si fuesen de garras.
Además, saltan muy alto, teniendo acceso lugares altos donde el jugador necesariamente debe trepar, pero no pueden abrir puertas.
Atacan cabeceando al jugador y se recuperan más rápido que los demás (aproximadamente 10 segundos después de haber sido noqueados) comparando con los otros Shibitos que necesitan varios minutos para recuperarse.
Estos Shibitos actúan como antenas para la mente maestra de todos los demás.