Fue fundado en 2003 con la desaparición del famoso FC Lugano.
Jugaba en la temporada 2003-2004 en la cuarta división suiza (2ème ligue) con el equipo de los menos 21 años.
Un año después, el AC Lugano fusionó con el FC Malcantone Agno (en las afueras de Lugano) que ganó su lugar en Challenge League, la segunda división de Suiza.
Ese nuevo club guardó el nombre de AC Lugano así como los colores negro y blanco del antiguo FC y AC Lugano.
Entrenador(es) Mattia Croci-TortiAdjunto(s) Andrea Aletti Selcuk SasivariEntrenador(es) de porteros Luca Redaelli Riccardo Di Benedetto