Como tal, Florida envió alrededor de 15.000 soldados al ejército confederado, la gran mayoría de los cuales fueron desplegados en otros lugares durante la guerra.
Al estallar la guerra, el gobierno confederado se apoderó de muchas instalaciones estadounidenses en el estado, aunque la Unión retuvo el control de Cayo Hueso, Fort Jefferson y Fort Pickens durante el conflicto.
A medida que avanzaba la guerra y disminuían los recursos del sur, los fuertes y ciudades a lo largo de la costa quedaron cada vez más indefensos, lo que permitió a las fuerzas de la Unión ocuparlos con poca o ninguna resistencia.
Los desertores de ambos bandos se refugiaron en la naturaleza salvaje de Florida, atacando a menudo a unidades confederadas y saqueando granjas.
Al mes siguiente, se había restablecido el control estadounidense de Florida, se había abolido la esclavitud y el gobernador confederado de Florida, John Milton, se había suicidado de un disparo.