Comenzó su primer ciclo en el año 2000, transmitido por Canal 7 y con la conducción de Fernando Martín Peña y Octavio Fabiano.

Manes falleció en el 2014, por lo cual Peña condujo Filmoteca en soledad hasta el 2016, cuando el crítico de cine Roger Koza (quien participaba con frecuencia del programa como invitado) se sumó como coconductor.

Filmoteca se destaca por la gran variedad temática y de géneros exhibidos, al igual que por difundir tanto el cine nacional e internacional -clásico y de culto- como obras poco conocidas, incluyendo películas que se consideraban perdidas o cortes y versiones poco vistas (o inhallables).

Durante todo el año 2020 el programa no fue emitido debido a la Pandemia de COVID-19.

Durante gran parte de 2021 el programa no se emitió en la TV Pública, por lo cual los fanáticos del mismo protagonizaron una notable ola de reclamos y peticiones —principalmente en las redes sociales— para que Filmoteca volviera, lo cual sucedió finalmente en septiembre de ese año.