Iniciado como un nadador de estilo pecho, después de 2000 se dedicó totalmente al estilo libre, obteniendo pronto resultados notables.

Magnini obtuvo su primer triunfo internacional en 2003, con una medalla de plata en los 100 m estilo libre del Campeonato Europeo de Natación en Piscina Corta realizado en Dublín.

En los Juegos Olímpicos de Atenas 2004 Magnini ganó la medalla de bronce en los 4 × 200 m estilo libre, alcanzando la quinta posición en los 100 m estilo libre.

Aunque es generalmente un nadador muy rápido, Magnini se siente más cómodo con los 100 m estilo libre, donde puede usar toda su capacidad para incrementar gradualmente su velocidad: pudiendo de esta manera alcanzar una velocidad bastante alta en los últimos 25 metros, donde normalmente otros nadadores comienzan a disminuir la potencia.

El impulso dado por sus piernas es hoy considerado como uno de lo más fuertes del mundo.