Estas empresas pasaron a propiedad del Gobierno de México.

En 1884, cuando el entonces presidente Porfirio Díaz inauguró la línea de transporte México-Irapuato-Paso del Norte (construida por compañías extranjeras y nombrada Línea A desde la época de Ferronales); su ramal Irapuato-Guadalajara, inaugurado cuatro años después,[2]​ La construcción de la línea Guaymas a Guadalajara inició en Guaymas en 1905 y se concluyó en 1929 en Guadalajara.

El viaje en trenes de largo recorrido desde Guadalajara tenía una duración de dos días, y cada convoy era dividido en dos al llegar a Benjamín Hill; según los pasajeros viajando hacia Nogales con FCP, o los que se dirigían hacia Mexicali con FSBC.

[5]​[6]​ Durante el porfiriato se construyó un ramal de Guadalajara a Manzanillo con operaciones mixtas, carga y pasaje.

Este último servicio operó hasta los años 60 con equipo nocturno Pulman, y después continuó con servicio diurno hasta la década de los 90.