El 18 de marzo de 1901 un decreto del gobernador Leonidas Echagüe aprobó la construcción de un ramal entre Villaguay, o un punto intermedio entre esta estación y Domínguez, hasta Concordia para empalmar con el Ferrocarril Argentino del Este.

En 1906 el Ferrocarril Central de Buenos Aires firmó un convenio con el Ferrocarril de Entre Ríos para que las formaciones de este ferrocarril circularan entre Zárate y Buenos Aires por las vías del primero una vez que se lograra la conexión con ferrobarcos desde Puerto Ibicuy.

Un decreto del gobernador Enrique Carbó Ortiz en julio de 1906 dispuso:[6]​

[7]​ En 1915 la empresa pasó a tener una administración común con el Ferrocarril Nordeste Argentino.

La administración del Ferrocarril de Entre Ríos se halló en Paraná hasta que al ser fusionada con el Ferrocarril Nordeste Argentino fue creada una administración conjunta en Concordia el 15 de febrero de 1915.

[10]​ Hacia 1925 el ferrocarril tenía en operación 90 locomotoras a vapor de carbón.

Desde el embarcadero de Dock Sud las vías llegaban al frigorífico Anglo, hasta donde se trasladaba ganado en pie.

En 1901 las estaciones de este ramal eran: Bajada Grande, Paraná, Paracao, Tezanos Pinto, Las Delicias, Racedo, Crespo, Camps, Ramírez, Aranguren, Hernández, Nogoyá, 20 de Septiembre, Lucas González, Sola, Tala, Rocamora, Gobernador Basavilbaso, Villa Mantero, Herrera, Caseros, Uruguay, Muelle Nacional de Concepción del Uruguay.

En 1901 las estaciones de este ramal eran: Nogoyá, Febre, Antelo, Victoria.

En 1901 las estaciones de este ramal se denominaban: Tala, Echagüe, Mansilla, Galarza, San Julián, General Basavilbaso, Gualeguay Tala.

En 1901 las estaciones de este ramal eran: Gobernador Basavilbaso, T. Gilbert, Urdinarrain, Pastor Britos, Almada, Palavecino, Gualeguaychú.

En 1901 las estaciones de este ramal se denominaban: Gobernador Basavilbaso, Urquiza, Las Moscas, Domínguez, Villaguay.