Fue estación terminal del Ferrocarril Argentino del Este, que comenzó a operar el 23 de marzo de 1874 en el tramo hasta Federación, extendido en 1875 a Monte Caseros.

Desde Concordia Central el Ferrocarril Nordeste Argentino construyó un ramal a Concepción del Uruguay inaugurado en 1915.

El ramal al puerto fue cortado por obras de parquización y los dos desvíos fueron levantados.

Un ramal la une con la Estación Concordia Norte, construida en 1930 por el Administración General de Ferrocarriles del Estado para el ramal Concordia-Federal y que actualmente se encuentra desafectada.

También hasta 1992 existía el Tren "Salto Grande" que unía Federico Lacroze con Concordia Central.