Nacido en 1933, su carrera como docente, vinculada en sus primeros años a su condición de miembro de la Compañía de Jesús, dio un giro en la década de 1970 al incorporarse al grupo de historiadores del pensamiento político que colaboraba con Luis Díez del Corral: Dalmacio Negro, Juan Trías, Joaquín Abellán, José Álvarez Junco, Carmen Iglesias y Antonio Elorza.
El antiguo Instituto de Estudios Políticos se convirtió así en el Centro de Estudios Políticos y Constitucionales, del cual Fernando Prieto fue fundador y primer director.
Al dejar el cargo, Fernando Prieto regresó al trabajo académico, siempre con mayor énfasis en la investigación que en la docencia.
Falleció en Madrid en 2006, víctima de una dolencia cardíaca siendo profesor emérito y justo cuando acaba de publicar el último tomo de su obra en la que colaboraron antiguos alumnos como Luis Bouza o José Daniel Aliseda.
Donó toda su biblioteca personal y todos sus legajos sobre las investigaciones realizadas a la Biblioteca de la Facultad de Ciencias Políticas y Sociología, a la que realizaba periódicamente numerosas aportaciones bibliográficas.