Jugaba como mediocampista por izquierda y su primer equipo fue Quilmes.
Fernando Navas hizo las inferiores en Quilmes y tuvo su debut con la camiseta del Cervecero en 1996, cuando el equipo militaba en la Primera B Nacional.
Sin lugar a dudas, su época dorada en el Xeneize la vivió de la mano de Carlos Bianchi, ya que obtuvo el Apertura 1998, el Clausura 1999 y la Copa Libertadores del 2000.
Su buen presente lo catapultó al fútbol europeo, más precisamente a la Liga griega, donde defendió los colores del AEK Atenas primero, y del Aris Salónica después.
[1] Tras un año y medio sin club, en enero de 2005 se incorpora a Chacarita Juniors.