Tiene un diplomado en administración pública por la Universidad Iberoamericana Puebla y un posgrado en integración económica, política y social de América Latina con Europa en la Universidad Complutense de Madrid.

[2]​ Se afilió al Partido Revolucionario Institucional (PRI) en 1988.

[7]​ Inicialmente Morales Martínez afirmó que él ya había renunciado al partido un año antes de ser expulsado, pero que había mantenido su salida en secreto para demostrar que «el líder estatal del PRI, Jorge Estefan Chidiac, no está al tanto de lo que ocurre en su partido».

[8]​ Aunque posteriormente Morales Martínez intentó impugnar su expulsión del partido.

Su designación fue criticada como «una imposición de parte del panista Rafael Moreno Valle» debido a que Morales Martínez ni siquiera estaba afiliado a Movimiento Ciudadano al momento de asumir la dirigencia estatal del partido y hasta seis meses antes todavía era miembro del PRI.

[11]​ En septiembre de 2021 Fernando Morales Martínez debió terminar su mandato como presidente estatal de Movimiento Ciudadano, sin embargo, Morales Martínez apeló al hecho de que los estatutos del partido prohíben renovar la dirigencia estatal durante un proceso electoral y las elecciones de 2021 todavía no concluían pues aún faltaban por celebrarse elecciones extraordinarias en algunos municipios.