[1]​ La especie tipo Fenghuangopterus lii fue descrita y nombrada en 2010 por Lü Junchang et.al.

El nombre de la especie honra a Li Xiumei, quien donó el fósil.

Es un Rhamphorhynchidae de la subfamilia Scaphognathinae, de la que hasta ahora solo se conocían fósiles del Jurásico Superior, e incluye los géneros Scaphognathus, Sordes y Harpactognathus.

[1]​ Fenghuangopterus era similar a otros escafognatinos por tener un cráneo corto y romo con una gran fenestra anteorbital, y dientes de orientación vertical muy espaciados entre sí (en contraste con los dientes más orientados horizontalmente de otros ranforrínquidos).

Como todos los ranforrínquidos conocidos su cola quedaba rígida gracias a unas largas extensiones de las vértebras.