El pequeño era el más joven y el único hijo varón que Juana le dio a Francisco, después de una serie de hijas, algunas muertas en la infancia.

Nació al poco tiempo que el hijo de su padre con su amante, Bianca Cappello.

Una enorme alegría invadió a la corte con el nacimiento de un heredero legítimo al trono, y le fue conferido el nombre de Felipe en honor a su padrino Felipe II de España y en la corte siempre fue conocido por el diminutivo Don Filippino.

Al año siguiente, su madre murió en el parto de un hijo nacido muerto, y él mismo, que siempre tuvo una salud muy débil, murió a los cuatro años en 1582.

Una autopsia efectuada a sus restos en 2004, reveló que Don Felippino padecía de una forma leve de hidrocefalia.