Más tarde, ese mismo año, dividió su herencia con su hermano menor, Federico el Joven.
Federico VI mantuvo las tierras ancestrales del condado de Zollern, con el castillo de Hohenzollern y las áreas circundantes, mientras que su hermano menor recibió los señoríos de Schalksburg y Mühlheim.
Así, a finales del siglo XIII, la línea de Schalksburg fundada por este se separó de la rama principal y se extinguirá en 1408.
En 1296, Federico vendió algunas propiedades a la abadía de Bebenhausen.
En 1281, Federico se casó con Cunegunda (1265-1310), la hija del margrave Rodolfo I de Baden, con quien tuvo los siguientes hijos: