Hijo de Hirán Mejía y María Eusebia Vallejo.

Luego pasó al Seminario Pontificio Santo Tomás de Aquino, donde estudió Filosofía y Teología hasta 1972, y obtuvo la Licenciatura en Ciencias Religiosas y la Licenciatura en Pedagogía que concluiría en 1979 en la Universidad Autónoma de Santo Domingo al igual que la Licenciatura en Filosofía.

Es fluido, además del latín, en inglés, italiano y alemán.

Juan Antonio Flores Santana, a la edad de 31 años.

En 1979, fue enviado a Roma y obtuvo la Licenciatura en Teología Espiritual, magna cum laude, en la Pontificia Universidad Gregoriana y el doctorado en Teología, summa cum laude, en la Pontificia Universidad Lateranense.