Fue fundada el año 1956 como Facultad de Agronomía y Veterinaria.

Se mantuvo como tal hasta 1974, cuando la institución se separó en dos facultades: la de Ingeniería Agronómica y la de Veterinaria.

La Facultad de Ingeniería Agronómica adoptó el nombre actual en el año 1994.

Cuenta con seis sedes: la del Campus de San Lorenzo, las de las ciudades de Pedro Juan Caballero, San Pedro de Ycuamandyyú, Caazapá, Santa Rosa de Misiones, y la del Chaco Central, en la estación experimental de Cruce Pioneros.

Actualmente se ofrecen seis carreras: