La FA cuenta con una estructura organizacional en donde la máxima autoridad se llama consejo técnico presidido por el director como presidente del mismo, un representante profesor por cada grado escolar, asimismo un representante alumno por cada grado los dos últimos representante se eligen por elecciones entre la comunidad de alumnos y de profesores, el director de la facultad y presidente del consejo técnico es elegido por el consejo universitario, el cual es la máxima autoridad dentro de la universidad.

El director de la facultad elige al secretario académico y al secretario administrativo, los cuales se encargan del manejo académico de la facultad y del manejo de los recursos administrativos respectivamente.

Por último tenemos la fáse profesionalizantes desde el 7º hasta el 9º semestre se le ofrecen al estudiante cinco especialidades: Agronegocios, Horticultura, Producción Pecuaria, Protección Vegetal y Suelos y Agua, cada una de ellas ofrecerá al estudiante las herramientas finales para desempeñar un buen papel en el campo.

Los alumnos del 6° Semestre deben elegir una de las distintas especialidades a cursar a partir del 7° Semestre y hasta concluir con sus estudios en el 9° Semestre; Durante el 7° y 8° Semestres los alumnos podrán elegir una de las diferentes materias optativas que se ofertan para tales fines, coadyuvando con esto a que el alumno se consiga una formación más acorde a sus necesidades, a continuación el mapa curricular por especialidades: Durante el ciclo escolar 2009-2010 la maestría pasó a ser un plan colegiado en donde participan las Facultades de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Facultad de Ciencias del Mar y la Escuela de Biología, conjuntamente con la Facultad de Agronomía.

A continuación se enlistan los cinco cuerpos académicos con sus respectivos PITC: