Fue condecorado por la CIA con la Estrella de Inteligencia y nueve Cruces al Valor por Vietnam del Sur.La operación estaba en conocimiento del Presidente John F. Kennedy quien prestó su aprobación final, aunque limitada, motivo por el cual luego sería considerado como un traidor por algunos en la comunidad cubana exiliada en Miami.La brigada peleó tomando todas las posiciones asignadas en el primer día del desembarco.Al tercer día se agotaron todas las municiones y no hubo un plan de contingencia para reabastecerlos.No se rindieron, pero en su inmensa mayoría fueron capturados y llevados a La Habana.Intentó comunicarse sin resultado y permaneció en su refugio siguiendo los acontecimientos por televisión.Desde Panamá se envío un grupo de tropas especiales para entrenar a soldados bolivianos en la guerrilla contra insurgencia, la mayoría de estas tropas especiales eran cubanos exiliados pro americanos pero sin ciudadanía estadounidense.[4] En junio se le ofreció la misión y el 1 de agosto ya estaba en La Paz bajo la identidad encubierta del empresario Félix Ramos, acompañado de otros 2 agentes cubano-estadounidenses, Gustavo Villoldo y José "Pepe" García Pino.[3] Luego de que se confirmara que el Che Guevara había sido herido y capturado en Quebrada del Yuro y enviado a La Higuera, donde fue encarcelado en la escuela, Félix Rodríguez se dirigió allí junto con el Coronel Joaquín Zenteno Anaya, llegando en las primeras horas de la mañana.Una vez llegado a La Higuera, Rodríguez acompañado de militares bolivianos realizó el reconocimiento del prisionero:A las 13:10 fue asesinado por el sargento Mario Terán, luego de que corrieran la misma suerte otros dos prisioneros.La muerte del Che Guevara y la participación de los Estados Unidos en la misma ha sido muy discutida.Allí interrogó y fotografió los documentos que tenía en su poder el guerrillero argentino-cubano, incluyendo su Diario de Bolivia.Rodríguez intentó sin éxito avisarle a Donald Gregg, así que logró comunicarse con Watson quien a su vez notificó el hecho al Salón de Situación de la Casa Blanca.En 1992 George fue condenado por dos cargos de perjurio en su declaración, pero fue inmediatamente indultado por el presidente Bush.Luego del escándalo Irán-Contra, Rodríguez estuvo largo tiempo alejado de la exposición pública.[20] Durante la campaña presidencial de 2004 Rodríguez mantuvo una opinión extremadamente crítica del candidato demócrata John Kerry, refiriéndose a él como un «mentiroso y auto-promotor» y dijo que «no debería ser presidente».[21] Rodríguez fue nombrado Chairman del Museo y Biblioteca Bahía de Cochinos en La Pequeña Habana, en Miami.
El cuerpo de Ernesto Che Guevara en La Higuera junto a militares bolivianos.
Documento donde la CIA reconoce en forma oficial que las últimas fotos del Che Guevara con vida junto a Félix Rodríguez son auténticas.
«Diciembre 23, 1988. Feliz Navidad.
Estimado Félix: Gracias por tu nota del 18 de diciembre. Sí, la Verdad es poderosa. Tú has dicho la verdad con convicción y obtenido mucho respeto en el proceso. Buena suerte. Que 1989 sea más calmado que 1988. Y que esté pleno de mucha felicidad para ti. Con admiración y respeto,
George Bush.»
.
Félix Ismael Rodríguez (derecha), junto al periodista Horacio Cambeiro.