Tras descubrir el Fruto del Edén en Assassin's Creed: Revelations y las intenciones de Altaïr, Ezio finalmente se retira a la ciudad de Florencia, observando sus últimos años en la película animada Assassin's Creed: Embers.

[2]​ En la obra, su madre Maria Auditore definió a su hijo como competitivo, tercio, y malhablado, pero tan apasionado que es imposible echarle nada en cara.

Durante su viaje, Ezio se relaciona con diversas figuras políticas italianas de su tiempo: Leonardo da Vinci, Nicolás Maquiavelo o Bartolomeo d'Alviano.

Años después, en 1499, Ezio sigue la pista de Rodrigo (ahora convertido en papa) hasta el Vaticano, donde ambos vuelven a verse las caras.

Durante los siguientes nueve años, Ezio y sus Asesinos combaten por acabar con el gobierno Templario en Roma.

César pretende hacerse con el control de Roma por la fuerza, sin embargo, es arrestado por orden del nuevo papa.

César es llevado prisionero a España, y Ezio decide ir en su busca, pues no pretende cometer el mismo error que con Rodrigo.

Ezio llega hasta Viana, en Navarra, pues César ahora está aliado con los rebeldes navarros; Ezio y César combaten durante el ataque a la ciudad, arrojando el primero al segundo desde las murallas y acabando con su vida.

Tras llegar a Constantinopla, Ezio colabora con los Asesinos de la ciudad, la cual está sacudida por los enfrentamientos entre los gobernantes otomanos y los bizantinos, pues estos están apoyados por los Templarios.

Ezio y Sofía llegan a Masyaf, abriendo finalmente las puertas de la biblioteca.

Cierto día, una misteriosa Asesina china aparece solicitando su ayuda; esta mujer responde al nombre de Shao Jun y es una Asesina fugada que aspira a que Ezio la ayude a reconstruir su Orden.