Presenta dos pequeñas ramificaciones, a su vez fiordos, en el lado occidental: Ólafsfjörður y Héðinsfjörður.

El fiordo comprende colinas y montañas a ambos lados, aunque las elevaciones son sensiblemente más altas del lado occidental, en la península de Tröllaskagi.

En la parte más externa del fiordo las colinas se interrumpen bruscamente en el mar.

Entre los ríos que desembocan en el Eyjafjörður se encuentran el Eyjafjarðará, el Fnjóská y el Hörgá.

Otros asentamientos son: Dalvík, Ólafsfjörður, Hrísey, Árskógssandur, Hauganes, Hjalteyri, Hrafnagil, Svalbarðseyri y Grenivík.