[2]​ Junto con la invasión de Daguestán lanzada desde Chechenia en agosto de 1999 por la milicia islamista liderada por Shamil Basáyev y por Ibn al-Khattab, las explosiones ocasionaron que la Federación de Rusia diera inicio a la segunda guerra chechena.

Una comisión pública independiente[5]​ para investigar las explosiones fue dirigida por el diputado de la Duma Serguéi Kovaliov.

La comisión fue ineficaz debido al rechazo del Gobierno ruso para responder a sus cuestionamientos.

[6]​[7]​ Dos miembros de la Comisión Kovaliov, Serguéi Yushenkov y Yuri Schekochijin murieron años después en aparentes asesinatos.

[9]​[10]​[11]​[12]​[13]​ [14]​[15]​ Los investigadores Robert Bruce Ware, Paul J. Murphy, Henry Plater-Zyberk, Simon Saradzhyán, Nabi Abdulláev y Richard Sakwa criticaron la teoría conspirativa, al señalar problemas tales como la falta de evidencia.