[1][2] Son similares y están relacionados con los organismos del orden Euglenales, sin embargo existen algunas diferencias.
Los eutreptiales presentan de dos a cuatro flagelos emergentes, iguales o desiguales.
En cambio, los euglenales tienen un solo flagelo emergente, pues el segundo es muy corto y no sobresale del bolsillo apical, o bien los dos flagelos son no emergentes.
Los eutreptiales son fundamentalmente marinos o de aguas salobres, mientras que los euglenales suelen vivir en hábitats dulceícolas.
Por último, todos los miembros del grupo son fotosintéticos, mientras que los euglenales incluyen también especies no coloreadas.