[6]​ Eupatorium serotinum fue descrita por André Michaux y publicado en Flora Boreali-Americana 2: 100.

[7]​[8]​ Eupatorium: nombre genérico que viene del griego y significa "de padre noble".

Cuyo nombre se refiere a Mitrídates el Grande, que era el rey del Ponto en el siglo I a. C. y a quien se le atribuye el primer uso de la medicina.

De hecho, las especies de este género, a lo largo del tiempo, han tomado diversas denominaciones vulgares referidas sobre todo a la medicina popular, esto sirve para resaltar las propiedades de Eupatoria, aunque actualmente este uso se ha reducido algo debido a algunas sustancias hepatotóxicas presentes en estas plantas.

serotinum: epíteto latíno que significa "tardío, nocturno".