Fue Rector del Instituto Tecnológico de Costa Rica durante el período 2003-2011.

Se convirtió en una figura pública principalmente al convertirse en el coordinador nacional del Movimiento Patriótico contra el TLC apoyando el NO en el referéndum.

En esa misma fecha, el Consejo Institucional del Tecnológico recomendó a Trejos renunciar formalmente al considerar que la rectoría requiere dedicación exclusiva.

[1]​ El 30 de julio el Rector retira su renuncia, indicando que «se siente presionado e irrespetado en sus derechos ciudadanos y laborales, que mantiene su posición de defensa de los argumentos que lo motivaron en la lucha contra el TLC y que no aceptará presiones de ningún órgano institucional y por tanto no renunciará»[3]​ El 7 de agosto el periódico La Nación le dedica el editorial periodístico a Eugenio Trejos, instándolo a definirse por quedarse como Rector del ITCR o como candidato del Partido Frente Amplio.

Señala de igual modo que sus decisiones las toma con base en principios, valores y convicciones profundas, y no cediendo a presiones de grupos externos, por más respetables y/o poderosos que estos sean.