Vivió en Ginebra donde trabajó como curador del herbario Boissier de dicha ciudad, el cual estaba compuesto por las colecciones realizadas por Pierre Edmond Boissier, conservadas por su yerno William Barbey.
En esta institución, Eugenio Autran llegó a ser director.
A pesar de poseer este cargo, decidió radicarse en la Argentina a comienzos del siglo XX, donde tenía una perspectiva mejor para el estudio y la observación de la flora de dicho país.
A lo largo de su vida publicó varios trabajos científicos, todos relacionados con la botánica y la zoología aplicada.
También participó en la organización de los manuscritos inéditos referidos a la correspondencia entre Aimé Bonpland y Alexander von Humboldt.