Durante su profesorado en el conservatorio, Ysaÿe continuó haciendo giras que incluyeron toda Europa, Rusia y los Estados Unidos.

A pesar de problemas de salud, especialmente en relación con sus manos, Ysaÿe consiguió labrarse una gran reputación como virtuoso, y muchos prominentes compositores le dedicaron obras, particularmente Claude Debussy, Camille Saint-Saëns, César Franck y Ernest Chausson.

Joseph Szigeti consideraba estas dos dedicatorias como especialmente significativas del respeto que mereció Ysaÿe entre sus contemporáneos.

Sus alumnos más prestigiosos fueron Josef Gingold, William Primrose, Louis Persinger, Irma Sèthe, Alberto Bachmann y Mathieu Crickboom.

Sus instrumentos personales fueron: primero, un Stradivarius, el Hércules, que fue robado después de un concierto en Rusia; y un Guadagnini.

Pudo también dirigirse al público del Teatro Real de Lieja, mientras que su retrato era proyectado en una gran pantalla.

Debilitado por la diabetes no pudo terminar su segunda ópera: L’avièrge di pièr (La virgen de piedra).