Permaneció en el ejército del Reichswehr trabajando en el Ministerio de Defensa en Berlín.
En este cargo, Müller fue responsable de las operaciones militares y medidas militares contra la población civil en los territorios ocupados bajo su jurisdicción que incluía ejercer funciones de integrante de Cortes Marciales aplicando la justicia militar a quienes correspondiere en el ejército.
Halder en sus atribuciones daba la última palabra en cuestiones inherentes a la aplicación de la justicia militar y civil en territorio soviético.
Müller firmó la Directiva N.º 516 referente a la Orden de los Comisarios que difería conductualmente de la Orden del Oberkommando OKW, N.º 44822 firmado por el general Walter Warlimont.
[3] Müller ejerció funciones como jurista militar hasta el colapso del nazismo en 1945.