En la boca oriental del estrecho se encuentra la isla de Ubin, que lo divide en dos.
La navegación a su través para grandes barcos está impedida por la construcción de una carretera sobre un viaducto no demasiado elevado, más o menos en la mitad de su recorrido.
Los principales afluentes que desembocan en el estrecho de Johor son los siguientes ríos: En este momento hay dos conexiones artificiales sobre el estrecho: la calzada Johor-Singapur (Johor-Singapore Causeway), conocida simplemente como "The Causeway", que enlaza la ciudad malasia de Johor Bahru y Woodlands, en Singapur; y un puente, conocido como el Segundo Enlace Malasia-Singapur (Malaysia-Singapore Second Link), en la boca oeste del estrecho, que conecta Gelang Patah, en Johor, con Tuas, en Singapur.
En 2003, Malasia quería construir un puente sobre el estrecho para reemplazar la calzada existente, pero las negociaciones con Singapur no tuvieron éxito.
Las principales razones mencionadas para el cambio fueron: En agosto de 2003, Malasia anunció que iba a seguir adelante con un plan para construir un puente curvo con una suave pendiente que se uniría a la mitad de la calzada existente de Singapur.