Las instalaciones formaban parte de la línea Valladolid-Ariza y estuvieron en servicio entre 1895 y 1994.
Tras varios años de obras, la línea Valladolid-Ariza fue abierta al tráfico en 1895.
[4] En 1941, con la nacionalización del ferrocarril de ancho ibérico, las instalaciones pasaron a manos de la recién creada RENFE.
Con el paso de los años Laguna de Duero perdió importancia y acabaría siendo reclasificado como un apeadero.
El trazado todavía se mantuvo abierto para la circulación de trenes de mercancías durante algún tiempo, hasta su clausura definitiva en 1994.