La organización del pabellón y su visita comienza en el vestíbulo del edificio, que conserva casi la misma estructura y decoración que presentó el Pabellón de Mónaco.
Mediante un recorrido por las diferentes especies animales y vegetales que pueblan las aguas del Guadalquivir, desde su nacimiento hasta su desembocadura en el Atlántico, el visitante puede conocer el ciclo del río y su evolución natural.
Las principales especies de peces de agua dulce que en algún momento habitan el acuario son: En cuanto a las especies más representativas de la flora del ecosistema de ribera, se pueden observar mediante ejemplares naturalizados o sobre mural: La planta baja del edificio está conectada a través de un ascensor panorámico a la planta alta, donde se encuentra la parte superior del acuario.
Este mirador se continúa con una rampa circular de 35 metros de longitud, que sumerge progresivamente al visitante en los fondos fluviales reproducidos en el acuario.
En el interior del acuario la reproducción del medio dulceacuícola se ha cuidado hasta el último detalle, para que los organismos que lo habitan se adapten al medio.
Esto permite el estudio y conocimiento de las características del ecosistema fluvial, así como su empleo como herramienta didáctica para la identificación morfológica y hábitos de las distintas especies.
Para poder mantener las características físicas y químicas del medio, la instalación cuenta con una línea de tratamiento biológico, filtración en arena, carbón activo y desinfección por iluminación ultravioleta.
Finalmente, las alarmas conectadas en toda la instalación, permiten un control y seguimiento continuo del estado y evolución del sistema de tratamiento.