Cistierna también fue la cabecera del ramal industrial que enlazaba con las minas de Sabero, hoy en día clausurado al servicio.

Sin embargo, bajo el mandato de la empresa pública la explotación empeoró y la línea se cerró en 1991.

Esta medida no fue bien aceptada por los vecinos de las zonas afectadas que pidieron su reapertura.

El inmueble posee una extensa marquesina en toda la extensión del mismo que cubre el estrecho andén lateral.

El andén lateral, sobre el que se halla en edificio de viajeros, da acceso a la vía directa.

En 2022 Adif anunció futuras actuaciones en la estación, consistentes en acondicionar andenes, supresión del bloqueo telefónico y automatización de la línea.

[10]​ Los trenes regionales que realizan el recorrido Bilbao - Léon (línea R-4f) tienen parada en la estación.

El servicio completo de la línea se complementa con una frecuencia adicional diaria por sentido que une Léon con Guardo-Apeadero.