Según Adif, la denominación oficial de la línea a la que pertenece la estación es la 08-790 (Asunción Universidad-Aranguren).

Sin embargo, bajo el mandato de la empresa pública la explotación empeoró y la línea se cerró en 1991.

Esta medida no fue bien aceptada por los vecinos de las zonas afectadas que pidieron su reapertura.

En noviembre de 1993 se reabrió el tramo Matallana-Cistierna, alcanzando a Boñar.

En 2022 Adif anunció futuras actuaciones en la estación, consistentes en acondicionar andenes, supresión del bloqueo telefónico y automatización de la línea.

[14]​ Los trenes regionales que realizan el recorrido León - Bilbao (línea R-4f) tienen parada en la estación.

Este sistema permite agilizar los tiempos de trayecto reduciendo paradas innecesarias.

La frecuencia que presenta es de 6 trenes diarios por sentido, tanto los días laborables como los sábados y festivos.