Sus instalaciones se encontraban situadas al sur del casco urbano y constituían un complejo ferroviario dedicado al tráfico de mercancías.
Coexistía con la estación de Burgos-Avenida, la cual se encontraba situada en las cercanías.
[3] Esta situación se mantuvo hasta entrado el siglo XXI.
Tras el cierre en 2008 de la antigua estación del Norte —y el traslado del ferrocarril a la nueva estación de Burgos Rosa Manzano—, en la década de 2010 el antiguo espacio ferroviario fue rehabilitado y reconvertido en el Bulevar del Ferrocarril.
En dicho proceso, lo que quedaba de la estación del Santander-Mediterráneo fue demolido.