En la actualidad las instalaciones ferroviarias cumplen funciones logísticas, si bien carecen de servicios de pasajeros.
La estación forma parte de la línea férrea de ancho ibérico Bifurcación Tocón-Bifurcación La Chana, punto kilométrico 114,2.
Las instalaciones de Atarfe-Santa Fe entraron en servicio en 1874, tras la inauguración de la línea Bobadilla-Granada.
La construcción de la misma había corrido a cargo de la Compañía del Ferrocarril de Córdoba a Málaga,[1][2] si bien en 1877 esta se integró en la nueva Compañía de los Ferrocarriles Andaluces,[3] que se hizo con el control de la estación.
Desde enero de 2005 el ente Adif pasó a ser el titular de las instalaciones ferroviarias.