Fue construida como parte del Ferrocarril Salitrero de Tarapacá y posteriormente recibió también los servicios del Ferrocarril de Iquique a Pintados y el Longitudinal Norte.

[1]​ Construida por el arquitecto español Miguel Retornano,[2]​ la estación fue inaugurada oficialmente el 28 de julio de 1871, cuando se inició el servicio del Ferrocarril Salitrero de Tarapacá entre Iquique y La Noria.

[1]​ Con la inauguración del Ferrocarril de Iquique a Pintados (FCIP) en noviembre de 1928, se creó una estación separada para dicha línea fiscal y que estaba ubicada en el acceso al puerto;[4]​ tras la fusión del FCIP con el Ferrocarril Salitrero de Tarapacá en 1951, la estación pasó a recibir los servicios del FCIP y la estación del puerto quedó abandonada.

[9]​ Esto ha permitido que se mantenga en buen estado de conservación, y actualmente el recinto pertenece a la Secretaría Regional Ministerial de Justicia.

El reloj que existe en la torre del edificio de administración, y que data de 1868,[2]​ fue restaurado en 2009.