El espaciador transcrito interno (ITS, del inglés Internal transcribed spacer) es un fragmento del genoma llamado ADN espaciador, situado entre el ADN ribosómico (ADNr) para la subunidad pequeña y el de la subunidad grande.
También se lo puede definir como la región ya transcrita en ARN, o precursor policistrónico que le corresponde al ADN espaciador luego de la transcripción.
[5] Durante la maduración del ARNr, se escinden las piezas de ETS e ITS.
[6] La comparación de secuencias de las regiones ITS eucariotas se usa ampliamente en taxonomía y filogenia molecular debido a varias propiedades favorables:[7] Por ejemplo, los marcadores ITS han demostrado ser especialmente útiles para dilucidar las relaciones filogenéticas entre los siguientes taxones.
Independientemente del alcance de la conservación, la comparación asistida por estructuras puede proporcionar una mayor resolución y solidez.