El diseño consiste en un águila pescadora africana de pie frente a un escudo y una lanza.
El águila es representada mirando hacia su hombro izquierdo con las alas extendidas y mantiene en sus garras un cojinete de desplazamiento con el nombre del estado en inglés: REPUBLIC OF SOUTH SUDAN (República de Sudán del Sur) y, encima, el lema nacional, también en inglés: JUSTICE, LIBERTY, PROSPERITY (Justicia, Libertad, Prosperidad).
El gobierno autónomo de la región usó un sello que correspondía al escudo de Sudán surmontado por las leyendas Government of Southern Sudan ("Gobierno del Sudán del Sur") y GOSS.
El elemento central del escudo era un pájaro secretario que lleva una cota de malla del tiempo de Muhammad ibn Abdalla (1844-1885) quien gobernó Sudán y se autoproclamó Mahdi en 1881.
El compartimiento representa los cultivos locales y las aguas del río Nilo que guardan relación con el lema "Justice, Equality, Dignity" ("Justicia, Igualdad, Dignidad").