[1]​ Su padre, Heinrich Nikolaus Gerber (1702-1775), alumno de Johann Sebastian Bach, fue un organista y compositor de cierta distinción, y bajo su dirección Ernst Ludwig a una edad temprana había logrado grandes progresos en sus estudios musicales.

En 1765 fue a Leipzig para estudiar derecho, pero las exigencias de la música, que habían cobrado fuerza adicional gracias a su relación con Johann Adam Hiller (de quien Gerber se convirtió en violonchelista de su orquesta Großes Concert Concert),[2]​ pronto llegaron a ocupar casi su única atención.

A su regreso a Sondershausen fue nombrado profesor de música de los hijos del príncipe y en 1775 sucedió a su padre como organista de la corte.

Su Historisch-biographisches Lexikon der Tonkünstler apareció en 1790 y 1792 en dos volúmenes; y el primer volumen de lo que fue prácticamente una edición mejorada y corregida de esta obra se publicó en 1810 con el título Neues Historisch-biographisches Lexikon der Tonkünstler, seguido de tres volúmenes más en 1812, 1813 y 1814.

Gerber también contribuyó con varios artículos para revistas musicales y publicó varias composiciones musicales menores.