Ernesto Augusto se convirtió al catolicismo y se convirtió en canónigo en Estrasburgo.
Sin embargo, más tarde retornó al luteranismo.
En 1692, sucedió a su hermano, Federico, como duque de Augustenburg.
En 1695, contrajo matrimonio con la baronesa María Teresa de Weinberg.
Este matrimonio no tuvo descendencia.