Era el hijo mayor del duque Ernesto Gunter y su esposa, la duquesa Augusta.
Sucedió a su padre como duque de Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg en 1689.
Sin embargo, murió solo tres años más tarde, en 1692, durante la Guerra de los Nueve Años contra los franceses.
Federico contrajo matrimonio con Ana Cristina Bereuter; Tuvieron 3 hijos:
[1] Fue sucedido por su hermano menor Ernesto Augusto.