Dos años más tarde en 1899, Koerber alcanzó el puesto de Ministro del Interior austriaco.

En 1900, el emperador Francisco José le pidió a Koerber un gabinete y servir como Primer Ministro.

Las reuniones del Consejo Imperial pronto se transformaron en fórums para que Koerber negociara con los líderes de los partidos.

Koerber buscó resolver este problema y presentó un borrador de ley estableciendo una universidad italiana.

[3]​ Koerber también intentó instituir una "Universidad Nacional" con el alemán como lengua de formación pero los italianos y eslavos protestaron este plan.

Koerber persiguió la reforma de las infraestructuras del país, particularmente ferrocarriles y canales.

Estas ambiciosas reformas conocidas como el Koerber-Plan se hicieron con el propósito de apaciguar al Consejo Imperial y crear una sensación de regionalismo sin reformas controvertidas del gobierno.

Koerber también exhibió su ideología liberal reduciendo la dura persecución a los Socialdemócratas, permitiéndoles organizarse abiertamente en Austria.

Koerber, un hombre anciano en este punto, decidió que ya no podía soportar estas diferencias.

Su dimisión se debió a varios motivos, el más importante del cual era su creencia que la planeada convocatoria del parlamento austriaco era prematura, pero Carlos I quería presentarse como un monarca constitucional lo antes posible.

[7]​ Unas pocas semanas después, el 13 de diciembre, Koerber oficialmente se retiró del cargo y fue sucedido por Heinrich Clam-Martinic.

Quedó impresionado por su proyecto sionista y aseguró a Herzl que lo apoyaría en su empeño por lograr una carta para el asentamiento judío en Palestina.